TY - JOUR T1 - Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny. JF - Nature Y1 - 2007 A1 - Clark, Andrew G A1 - Eisen, Michael B A1 - Smith, Douglas R A1 - Bergman, Casey M A1 - Oliver, Brian A1 - Markow, Therese A A1 - Kaufman, Thomas C A1 - Kellis, Manolis A1 - Gelbart, William A1 - Iyer, Venky N A1 - Pollard, Daniel A A1 - Sackton, Timothy B A1 - Larracuente, Amanda M A1 - Singh, Nadia D A1 - Abad, Jose P A1 - Abt, Dawn N A1 - Adryan, Boris A1 - Aguade, Montserrat A1 - Akashi, Hiroshi A1 - Anderson, Wyatt W A1 - Aquadro, Charles F A1 - Ardell, David H A1 - Arguello, Roman A1 - Artieri, Carlo G A1 - Barbash, Daniel A A1 - Barker, Daniel A1 - Barsanti, Paolo A1 - Batterham, Phil A1 - Batzoglou, Serafim A1 - Begun, Dave A1 - Bhutkar, Arjun A1 - Blanco, Enrico A1 - Bosak, Stephanie A A1 - Bradley, Robert K A1 - Brand, Adrianne D A1 - Brent, Michael R A1 - Brooks, Angela N A1 - Brown, Randall H A1 - Butlin, Roger K A1 - Caggese, Corrado A1 - Calvi, Brian R A1 - Bernardo de Carvalho, A A1 - Caspi, Anat A1 - Castrezana, Sergio A1 - Celniker, Susan E A1 - Chang, Jean L A1 - Chapple, Charles A1 - Chatterji, Sourav A1 - Chinwalla, Asif A1 - Civetta, Alberto A1 - Clifton, Sandra W A1 - Comeron, Josep M A1 - Costello, James C A1 - Coyne, Jerry A A1 - Daub, Jennifer A1 - David, Robert G A1 - Delcher, Arthur L A1 - Delehaunty, Kim A1 - Do, Chuong B A1 - Ebling, Heather A1 - Edwards, Kevin A1 - Eickbush, Thomas A1 - Evans, Jay D A1 - Filipski, Alan A1 - Findeiss, Sven A1 - Freyhult, Eva A1 - Fulton, Lucinda A1 - Fulton, Robert A1 - Garcia, Ana C L A1 - Gardiner, Anastasia A1 - Garfield, David A A1 - Garvin, Barry E A1 - Gibson, Greg A1 - Gilbert, Don A1 - Gnerre, Sante A1 - Godfrey, Jennifer A1 - Good, Robert A1 - Gotea, Valer A1 - Gravely, Brenton A1 - Greenberg, Anthony J A1 - Griffiths-Jones, Sam A1 - Gross, Samuel A1 - Guigo, Roderic A1 - Gustafson, Erik A A1 - Haerty, Wilfried A1 - Hahn, Matthew W A1 - Halligan, Daniel L A1 - Halpern, Aaron L A1 - Halter, Gillian M A1 - Han, Mira V A1 - Heger, Andreas A1 - Hillier, LaDeana A1 - Hinrichs, Angie S A1 - Holmes, Ian A1 - Hoskins, Roger A A1 - Hubisz, Melissa J A1 - Hultmark, Dan A1 - Huntley, Melanie A A1 - Jaffe, David B A1 - Jagadeeshan, Santosh A1 - Jeck, William R A1 - Johnson, Justin A1 - Jones, Corbin D A1 - Jordan, William C A1 - Karpen, Gary H A1 - Kataoka, Eiko A1 - Keightley, Peter D A1 - Kheradpour, Pouya A1 - Kirkness, Ewen F A1 - Koerich, Leonardo B A1 - Kristiansen, Karsten A1 - Kudrna, Dave A1 - Kulathinal, Rob J A1 - Kumar, Sudhir A1 - Kwok, Roberta A1 - Lander, Eric A1 - Langley, Charles H A1 - Lapoint, Richard A1 - Lazzaro, Brian P A1 - Lee, So-Jeong A1 - Levesque, Lisa A1 - Li, Ruiqiang A1 - Lin, Chiao-Feng A1 - Lin, Michael F A1 - Lindblad-Toh, Kerstin A1 - Llopart, Ana A1 - Long, Manyuan A1 - Low, Lloyd A1 - Lozovsky, Elena A1 - Lu, Jian A1 - Luo, Meizhong A1 - Machado, Carlos A A1 - Makalowski, Wojciech A1 - Marzo, Mar A1 - Matsuda, Muneo A1 - Matzkin, Luciano A1 - McAllister, Bryant A1 - McBride, Carolyn S A1 - McKernan, Brendan A1 - McKernan, Kevin A1 - Mendez-Lago, Maria A1 - Minx, Patrick A1 - Mollenhauer, Michael U A1 - Montooth, Kristi A1 - Mount, Stephen M A1 - Mu, Xu A1 - Myers, Eugene A1 - Negre, Barbara A1 - Newfeld, Stuart A1 - Nielsen, Rasmus A1 - Noor, Mohamed A F A1 - O'Grady, Patrick A1 - Pachter, Lior A1 - Papaceit, Montserrat A1 - Parisi, Matthew J A1 - Parisi, Michael A1 - Parts, Leopold A1 - Pedersen, Jakob S A1 - Pesole, Graziano A1 - Phillippy, Adam M A1 - Ponting, Chris P A1 - Pop, Mihai A1 - Porcelli, Damiano A1 - Powell, Jeffrey R A1 - Prohaska, Sonja A1 - Pruitt, Kim A1 - Puig, Marta A1 - Quesneville, Hadi A1 - Ram, Kristipati Ravi A1 - Rand, David A1 - Rasmussen, Matthew D A1 - Reed, Laura K A1 - Reenan, Robert A1 - Reily, Amy A1 - Remington, Karin A A1 - Rieger, Tania T A1 - Ritchie, Michael G A1 - Robin, Charles A1 - Rogers, Yu-Hui A1 - Rohde, Claudia A1 - Rozas, Julio A1 - Rubenfield, Marc J A1 - Ruiz, Alfredo A1 - Russo, Susan A1 - Salzberg, Steven L A1 - Sanchez-Gracia, Alejandro A1 - Saranga, David J A1 - Sato, Hajime A1 - Schaeffer, Stephen W A1 - Schatz, Michael C A1 - Schlenke, Todd A1 - Schwartz, Russell A1 - Segarra, Carmen A1 - Singh, Rama S A1 - Sirot, Laura A1 - Sirota, Marina A1 - Sisneros, Nicholas B A1 - Smith, Chris D A1 - Smith, Temple F A1 - Spieth, John A1 - Stage, Deborah E A1 - Stark, Alexander A1 - Stephan, Wolfgang A1 - Strausberg, Robert L A1 - Strempel, Sebastian A1 - Sturgill, David A1 - Sutton, Granger A1 - Sutton, Granger G A1 - Tao, Wei A1 - Teichmann, Sarah A1 - Tobari, Yoshiko N A1 - Tomimura, Yoshihiko A1 - Tsolas, Jason M A1 - Valente, Vera L S A1 - Venter, Eli A1 - Venter, J Craig A1 - Vicario, Saverio A1 - Vieira, Filipe G A1 - Vilella, Albert J A1 - Villasante, Alfredo A1 - Walenz, Brian A1 - Wang, Jun A1 - Wasserman, Marvin A1 - Watts, Thomas A1 - Wilson, Derek A1 - Wilson, Richard K A1 - Wing, Rod A A1 - Wolfner, Mariana F A1 - Wong, Alex A1 - Wong, Gane Ka-Shu A1 - Wu, Chung-I A1 - Wu, Gabriel A1 - Yamamoto, Daisuke A1 - Yang, Hsiao-Pei A1 - Yang, Shiaw-Pyng A1 - Yorke, James A A1 - Yoshida, Kiyohito A1 - Zdobnov, Evgeny A1 - Zhang, Peili A1 - Zhang, Yu A1 - Zimin, Aleksey V A1 - Baldwin, Jennifer A1 - Abdouelleil, Amr A1 - Abdulkadir, Jamal A1 - Abebe, Adal A1 - Abera, Brikti A1 - Abreu, Justin A1 - Acer, St Christophe A1 - Aftuck, Lynne A1 - Alexander, Allen A1 - An, Peter A1 - Anderson, Erica A1 - Anderson, Scott A1 - Arachi, Harindra A1 - Azer, Marc A1 - Bachantsang, Pasang A1 - Barry, Andrew A1 - Bayul, Tashi A1 - Berlin, Aaron A1 - Bessette, Daniel A1 - Bloom, Toby A1 - Blye, Jason A1 - Boguslavskiy, Leonid A1 - Bonnet, Claude A1 - Boukhgalter, Boris A1 - Bourzgui, Imane A1 - Brown, Adam A1 - Cahill, Patrick A1 - Channer, Sheridon A1 - Cheshatsang, Yama A1 - Chuda, Lisa A1 - Citroen, Mieke A1 - Collymore, Alville A1 - Cooke, Patrick A1 - Costello, Maura A1 - D'Aco, Katie A1 - Daza, Riza A1 - De Haan, Georgius A1 - DeGray, Stuart A1 - DeMaso, Christina A1 - Dhargay, Norbu A1 - Dooley, Kimberly A1 - Dooley, Erin A1 - Doricent, Missole A1 - Dorje, Passang A1 - Dorjee, Kunsang A1 - Dupes, Alan A1 - Elong, Richard A1 - Falk, Jill A1 - Farina, Abderrahim A1 - Faro, Susan A1 - Ferguson, Diallo A1 - Fisher, Sheila A1 - Foley, Chelsea D A1 - Franke, Alicia A1 - Friedrich, Dennis A1 - Gadbois, Loryn A1 - Gearin, Gary A1 - Gearin, Christina R A1 - Giannoukos, Georgia A1 - Goode, Tina A1 - Graham, Joseph A1 - Grandbois, Edward A1 - Grewal, Sharleen A1 - Gyaltsen, Kunsang A1 - Hafez, Nabil A1 - Hagos, Birhane A1 - Hall, Jennifer A1 - Henson, Charlotte A1 - Hollinger, Andrew A1 - Honan, Tracey A1 - Huard, Monika D A1 - Hughes, Leanne A1 - Hurhula, Brian A1 - Husby, M Erii A1 - Kamat, Asha A1 - Kanga, Ben A1 - Kashin, Seva A1 - Khazanovich, Dmitry A1 - Kisner, Peter A1 - Lance, Krista A1 - Lara, Marcia A1 - Lee, William A1 - Lennon, Niall A1 - Letendre, Frances A1 - LeVine, Rosie A1 - Lipovsky, Alex A1 - Liu, Xiaohong A1 - Liu, Jinlei A1 - Liu, Shangtao A1 - Lokyitsang, Tashi A1 - Lokyitsang, Yeshi A1 - Lubonja, Rakela A1 - Lui, Annie A1 - MacDonald, Pen A1 - Magnisalis, Vasilia A1 - Maru, Kebede A1 - Matthews, Charles A1 - McCusker, William A1 - McDonough, Susan A1 - Mehta, Teena A1 - Meldrim, James A1 - Meneus, Louis A1 - Mihai, Oana A1 - Mihalev, Atanas A1 - Mihova, Tanya A1 - Mittelman, Rachel A1 - Mlenga, Valentine A1 - Montmayeur, Anna A1 - Mulrain, Leonidas A1 - Navidi, Adam A1 - Naylor, Jerome A1 - Negash, Tamrat A1 - Nguyen, Thu A1 - Nguyen, Nga A1 - Nicol, Robert A1 - Norbu, Choe A1 - Norbu, Nyima A1 - Novod, Nathaniel A1 - O'Neill, Barry A1 - Osman, Sahal A1 - Markiewicz, Eva A1 - Oyono, Otero L A1 - Patti, Christopher A1 - Phunkhang, Pema A1 - Pierre, Fritz A1 - Priest, Margaret A1 - Raghuraman, Sujaa A1 - Rege, Filip A1 - Reyes, Rebecca A1 - Rise, Cecil A1 - Rogov, Peter A1 - Ross, Keenan A1 - Ryan, Elizabeth A1 - Settipalli, Sampath A1 - Shea, Terry A1 - Sherpa, Ngawang A1 - Shi, Lu A1 - Shih, Diana A1 - Sparrow, Todd A1 - Spaulding, Jessica A1 - Stalker, John A1 - Stange-Thomann, Nicole A1 - Stavropoulos, Sharon A1 - Stone, Catherine A1 - Strader, Christopher A1 - Tesfaye, Senait A1 - Thomson, Talene A1 - Thoulutsang, Yama A1 - Thoulutsang, Dawa A1 - Topham, Kerri A1 - Topping, Ira A1 - Tsamla, Tsamla A1 - Vassiliev, Helen A1 - Vo, Andy A1 - Wangchuk, Tsering A1 - Wangdi, Tsering A1 - Weiand, Michael A1 - Wilkinson, Jane A1 - Wilson, Adam A1 - Yadav, Shailendra A1 - Young, Geneva A1 - Yu, Qing A1 - Zembek, Lisa A1 - Zhong, Danni A1 - Zimmer, Andrew A1 - Zwirko, Zac A1 - Jaffe, David B A1 - Alvarez, Pablo A1 - Brockman, Will A1 - Butler, Jonathan A1 - Chin, CheeWhye A1 - Gnerre, Sante A1 - Grabherr, Manfred A1 - Kleber, Michael A1 - Mauceli, Evan A1 - MacCallum, Iain KW - Animals KW - Codon KW - DNA Transposable Elements KW - Drosophila KW - Drosophila Proteins KW - Evolution, Molecular KW - Gene Order KW - Genes, Insect KW - Genome, Insect KW - Genome, Mitochondrial KW - Genomics KW - Immunity KW - Multigene Family KW - Phylogeny KW - Reproduction KW - RNA, Untranslated KW - sequence alignment KW - Sequence Analysis, DNA KW - Synteny AB -

Comparative analysis of multiple genomes in a phylogenetic framework dramatically improves the precision and sensitivity of evolutionary inference, producing more robust results than single-genome analyses can provide. The genomes of 12 Drosophila species, ten of which are presented here for the first time (sechellia, simulans, yakuba, erecta, ananassae, persimilis, willistoni, mojavensis, virilis and grimshawi), illustrate how rates and patterns of sequence divergence across taxa can illuminate evolutionary processes on a genomic scale. These genome sequences augment the formidable genetic tools that have made Drosophila melanogaster a pre-eminent model for animal genetics, and will further catalyse fundamental research on mechanisms of development, cell biology, genetics, disease, neurobiology, behaviour, physiology and evolution. Despite remarkable similarities among these Drosophila species, we identified many putatively non-neutral changes in protein-coding genes, non-coding RNA genes, and cis-regulatory regions. These may prove to underlie differences in the ecology and behaviour of these diverse species.

VL - 450 CP - 7167 M3 - 10.1038/nature06341 ER -